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전쟁의 발발은 1180년 5월, 고시라카와인의 아들인 모치히토 왕이 헤이시 타도를 호소하는 격문을 내면서 시작된다. 그는 자신의 황위 계승 기회를 빼앗겼다고 여겼고, 미나모토노 요리마사 등의 겐지 세력과 결탁하여 거병하였다. 그러나 이 초기 봉기는 신속하게 진압되었고, 모치히토 왕은 처형되었으며 요리마사는 할복하였다.

이 실패에도 불구하고, 모치히토 왕의 격문은 전국 각지에 흩어져 있던 겐지 일족에게 봉기의 신호탄이 되었다. 특히 이즈로 유배되어 있던 미나모토노 요리토모가 이 호소에 응답하여 세력을 규합하기 시작했다. 1180년 8월, 요리토모는 이시바시야마 전투에서 다이라노 오바 가게치카가 이끄는 헤이시 군에게 패배했으나, 간신히 탈출에 성공하여 간토 지방으로 피신하였다.

이후 요리토모는 가마쿠라를 거점으로 삼고 간토의 무사들을 모아 세력을 키워나갔다. 한편, 신슈 지방에서는 그의 사촌인 미나모토노 요시나카가 독자적으로 세력을 확장하며 헤이시에 맞서기 시작했다. 이로써 지역별로 발화한 겐지의 봉기가 본격적인 전쟁으로 확대되는 계기가 마련되었다.

전쟁의 주요 전투는 겐지의 반격과 헤이시의 몰락을 결정짓는 중요한 국면들을 포함한다. 전쟁 초기인 1180년, 우지 강에서 벌어진 첫 번째 우지 전투에서 미나모토노 요리마사와 모치히토 왕의 군세가 패배하면서 겐지의 봉기는 좌절되는 듯했다. 그러나 같은 해 이시바시야마 전투에서 패한 미나모토노 요리토모는 가이와 고즈케로 탈출해 세력을 재건하는 데 성공한다.

전쟁의 결정적 전환점은 1183년의 구리카라 전투였다. 기소 요시나카(미나모토노 요시나카)가 이끄는 겐지 군이 다이라노 고레모리가 지휘하는 헤이시의 대군을 크게 무찔렀다. 이 승리로 헤이시는 사기가 꺾였고, 결국 교토에서 물러나 서국으로 퇴각하게 된다. 이후 요시나카가 교토를 장악했으나, 미나모토노 요시쓰네와 미나모토노 노리요리가 이끄는 가마쿠라 겐지 군과의 내분에서 패해 1184년 아와즈 전투에서 최후를 맞았다.

헤이시의 최후는 1184년과 1185년에 걸쳐 벌어진 두 차례의 대규모 공세로 결정났다. 먼저 이치노타니 전투에서 요시쓰네의 기습으로 헤이시의 서국 중요 거점이 함락되었다. 이어 1185년 야시마 전투에서 헤이시의 또 다른 근거지가 무너졌으며, 최종적으로 단노우라 전투에서 겐지와 헤이시의 수군이 결전을 벌였다. 이 해전에서 헤이시는 궤멸적인 패배를 당했고, 많은 일족이 바다에 몸을 던졌다. 이로써 약 5년에 걸친 대규모 내전은 겐지의 완승으로 막을 내렸다.

단노우라 전투에서의 결정적 패배 이후, 헤이시는 사실상 멸망의 길을 걷게 된다. 이 전투에서 헤이시의 수군은 궤멸되었고, 핵심 지도부와 많은 일족이 전사하거나 자결했다. 특히 안토쿠 천황과 그의 조모이자 다이라노 기요모리의 미망인인 도키코가 삼종신기를 품고 바다에 몸을 던진 사건은 헤이시의 종말을 상징적으로 보여준다. 패전 후 생포된 헤이시의 최고 지도자 다이라노 무네모리와 그의 아들 다이라노 기요모리는 교토로 압송되어 처형되었으며, 이로써 헤이시의 중앙 정치 세력은 완전히 소멸되었다.

헤이시 일족 중 살아남은 자들은 각지로 흩어져 숨어 지내거나, 승려가 되는 등 이름을 바꾸어 생존을 모색해야 했다. 일부는 멀리 시코쿠나 규슈의 변방 지역으로 도피하여 소규모 지방 세력으로 명맥을 유지하기도 했으나, 과거 교토 조정을 좌지우지하던 막강한 권력의 모습은 완전히 사라졌다. 이들의 몰락은 약 20여 년간 지속된 헤이시 정권의 최종적 종결을 의미했으며, 동시에 무가 사회의 새로운 질서가 확립되는 결정적 계기가 되었다.

헤이시의 멸망은 단순한 한 가문의 패배를 넘어, 일본 정치사에서 하나의 시대가 저물고 다른 시대가 열리는 전환점이었다. 이를 통해 가마쿠라 막부가 수립되는 길이 열렸고, 공가 중심의 정치 체제는 무가 중심의 봉건제로 근본적으로 재편되었다. 겐페이 전쟁의 결과로서 헤이시가 역사의 전면에서 사라진 것은, 이후 약 700년에 걸쳐 이어질 막부 체제의 서막을 알리는 사건이었다.

겐지 측은 미나모토 씨를 중심으로 한 세력으로, 가와치 겐지의 수장 미나모토노 요리토모가 최고 지도자였다. 그는 이즈에서 거병하여 간토 지역을 기반으로 세력을 확장했으며, 전쟁 후반에는 가마쿠라 막부를 수립한다. 그의 배다른 동생이자 천재적인 전략가로 평가받는 미나모토노 요시쓰네는 현장 지휘관으로 활약하며 이치노다니 전투와 단노우라 전투 등 주요 승리를 이끌었다.

또한 요리토모의 사촌인 기소 요시나카는 북방에서 세력을 키워 구루마가와 전투에서 헤이시를 크게 무찔러 교토 입성의 길을 열었으나, 이후 요리토모와의 주도권 다툼에서 패해 몰락했다. 요리토모의 숙부 미나모토노 유키이에와 동생 미나모토노 노리요리도 중요한 장수로 참전했다.

겐지 측은 고시라카와인으로부터 헤이시 토벌의 정당성을 부여받는 등 정치적 우위를 점했으며, 호조 도키마사 같은 유력 무가의 지원과 다구치 시게요시의 배신과 같은 헤이시 측 내부의 이반도 승리에 기여했다. 이들의 승리는 일본 역사에 무가 정권 시대를 열게 되는 결정적 계기가 되었다.

헤이시 측은 다이라노 기요모리를 정점으로 하는 다이라 씨 일족과 그 가신들로 구성되었다. 헤이시는 헤이지의 난 이후 조정을 장악한 최고 권력 가문이었으나, 전쟁 중반 기요모리가 병사한 후에는 그의 아들 다이라노 무네모리가 수장 역할을 이어받았다. 주요 지휘관으로는 무네모리 외에도 다이라노 시게히라, 다이라노 도모모리 등 기요모리의 여러 아들들이 활약했다.

헤이시는 초기에는 교토를 중심으로 한 서일본과 세토 내해 일대에서 강한 지배력을 유지했으며, 특히 수군 전력에서 우위를 점하고 있었다. 그러나 구리하라 전투에서 기소 요시나카에게 대패한 후 수세에 몰려 점차 시코쿠와 규슈 지역으로 세력을 축소해야 했다. 최후의 결전인 단노우라 전투에서는 안토쿠 천황과 삼종신기를 지키며 항전했으나 패배로 이어졌다.

전쟁의 결과, 헤이시의 주요 인물들은 전사하거나 포로가 되었으며, 일족은 대부분 멸문지화를 당했다. 이로써 헤이안 시대 말기 정권을 장악했던 헤이시 정권은 완전히 무너지고, 일본의 지배 구조는 가마쿠라 막부를 중심으로 하는 무가 정권 시대으로 전환되었다.

조정 측에서는 전쟁 기간 내내 실질적인 권력을 행사한 고시라카와 법황이 핵심 인물이다. 그는 헤이시와 겐지 사이에서 줄타기 외교를 펼치며 양 세력을 조종하려 했으며, 결국 겐지의 승리를 인정하고 가마쿠라 막부의 성립을 묵인하는 역할을 했다. 또한 전쟁의 발단을 제공한 모치히토 왕은 고시라카와 법황의 아들로, 자신의 즉위 기회를 빼앗겼다고 판단하여 헤이시 토벌의 격문을 내고 겐지 봉기를 촉발시켰다.

천황가 인물로는 안토쿠 천황이 있다. 그는 다이라노 기요모리의 외손자로 어린 나이에 즉위하여 헤이시의 상징적 존재가 되었다. 전쟁 말기 헤이시가 패퇴하자 보호자들과 함께 단노우라 해전에서 바다에 몸을 던져 전사했다. 그의 어머니이자 기요모리의 딸인 다이라노 도쿠코 또한 헤이시의 몰락과 함께 비극적인 최후를 맞았다.

기타 중요한 인물로는 초기 헤이시 토벌에 동참했다가 패배한 셋쓰 겐지의 수장 미나모토노 요리마사와, 전쟁 내내 고시라카와 법황을 보좌하며 정치적 행보를 도운 관료들이 있다. 또한 교토 근교의 대사원인 엔랴쿠지와 미이데라는 각각 헤이시와 겐지를 지지하며 무력으로 개입하는 등 종교 세력도 전쟁에 깊이 관여했다.