익금 산입 및 손금 불산입편집자 확인

익금은 법인세법상 법인의 소득을 계산할 때 총수입금액에 산입되는 모든 금액을 의미한다. 이는 단순히 영업활동을 통한 매출만을 지칭하는 것이 아니라, 법인이 회계 기간 중에 획득한 모든 경제적 이익의 증가를 포괄한다. 법인세법 제13조는 익금을 "자산의 증가나 부채의 감소로 인하여 자본거래 외의 원인으로 자본금 또는 기타 자본의 잔액을 증가시키는 모든 거래의 금액"으로 정의한다[4]. 따라서 익금 산입의 핵심은 해당 거래가 자본의 순증가를 초래하는지 여부에 있다.

익금의 범위는 매우 넓으며, 크게 영업익금과 영업외익금으로 구분된다. 영업익금에는 상품매출, 제품매출, 용역수입 등 주된 사업활동에서 발생하는 수익이 포함된다. 영업외익금에는 이자수익, 배당금수익, 환차익, 부동산임대수익, 유형자산 처분이익 등 주된 사업 외의 활동에서 발생하는 수익이 해당한다. 또한, 부당행위계산부인 규정에 따라 거래당사자 간의 특수관계로 인해 통상적으로 인정되지 않는 거래가 있을 경우, 그 차액은 익금으로 산입된다.

익금의 범위를 판단할 때는 수익인식 기준이 중요하다. 일반적으로 재화의 인도나 용역의 제공이 완료되고, 대금을 받을 권리가 발생하며, 그 금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있을 때 익금으로 인식한다. 그러나 세법은 이러한 회계상 수익인식 기준과는 별도로 특정한 세무조정 규정을 두고 있어, 회계상 수익과 세법상 익금 간 차이가 발생할 수 있다. 예를 들어, 무상으로 받은 자산이나 채무면제 이익은 회계상으로는 이익으로 인식되지만, 세법상에도 명시적으로 익금에 해당한다[5].

총수입금 산입의 일반원칙은 법인세법 제14조에 규정되어 있으며, 법인의 사업연도 소득금액을 계산할 때 모든 수익을 포함해야 한다는 기본 원칙을 의미한다. 이 원칙은 회계상이익과 과세소득을 조정하는 출발점이 된다. 회계상으로는 수익으로 인식된 거래라도, 법인세법상 익금으로 산입되지 않는 특례가 있는 반면, 회계상 수익으로 인식되지 않았더라도 과세상 익금으로 보아야 하는 경우도 존재한다[6].

주요 원칙은 다음과 같이 정리할 수 있다.

이 원칙에 따라 매출액, 이자수익, 배당금수익, 외환차익 등은 발생한 사업연도의 총수입금에 포함된다. 다만, 자본거래에서 발생한 수익(예: 자본금 납입 또는 자본잉여금 감소)은 익금이 아닌 자본의 변동으로 처리되어 과세소득 계산에서 제외된다. 또한, 법률에 명시된 특별한 규정에 따라 일부 수익은 익금에서 제외될 수 있으며, 이러한 사항은 익금불산입 항목에서 별도로 규율한다.

법인세법상 익금은 법인세법 제14조 및 제15조에 정의된 법인의 각 사업연도 소득을 계산할 때 총수입금에 산입되는 금액을 말한다. 이는 기본적으로 회계상이익을 계산하는 재무회계의 수익 개념과 유사하지만, 세법의 특수한 규정에 의해 조정을 받는다. 법인세 계산 구조상, 익금에서 손금을 차감한 금액이 과세표준이 되므로, 익금의 범위를 정확히 파악하는 것은 정당한 세액 계산을 위한 첫걸음이다.

주요 익금 항목은 다음과 같이 구분하여 살펴볼 수 있다. 우선 영업활동에서 발생하는 기본적인 항목으로 매출액, 영업외수익(이자수익, 배당금수익, 환차익 등), 그리고 자본거래 이외의 이유로 발생하는 임의적립금의 익금전환이 있다. 또한, 부당행위계산부인 규정에 따라 거래 행위가 정상가격으로 조정될 경우, 그 차액은 익금으로 산입된다.

특히 주의해야 할 항목으로는 자산의 평가 또는 처분과 관련된 것들이 있다. 고정자산을 양도할 때 발생하는 양도차익, 재평가를 통해 자산가치가 증가하여 생긴 재평가차익, 그리고 충당금을 설정한 후 그 사유가 소멸되어 환입되는 금액은 모두 익금에 포함된다. 또한, 과거에 손금으로 처리했던 이연법인세차감전환자산을 회수할 때 그 회수액도 익금으로 처리된다.

다음 표는 법인세법상 주요 익금 항목을 유형별로 정리한 것이다.

한편, 일부 수익적 성격의 금액이라도 법률에 의해 익금에서 제외되는 특례가 존재한다. 대표적인 예가 수입배당금의 익금불산입 제도이다. 이는 이중과세를 방지하기 위한 조치로, 일정 요건을 충족하는 다른 법인으로부터 받은 배당금의 일부 또는 전부를 익금에 산입하지 않을 수 있다.

손금은 법인이 해당 사업연도에 경상적으로 지출한 모든 비용과 손실을 말한다. 이는 법인세법에서 법인의 순익을 계산하기 위해 총수입금에서 공제할 수 있는 지출을 의미한다. 손금 불산입은 이러한 비용이나 손실이 발생하였음에도 법률의 특별한 규정에 의해 과세표준 계산 시 공제를 허용하지 않는 제도를 가리킨다.

손금 불산입의 핵심적 의미는 과세 형평성과 조세 정책 목적을 달성하기 위한 것이다. 특정 지출을 손금으로 인정하지 않음으로써 법인의 과세소득이 실질적으로 증가하게 되어 세부담이 늘어난다. 이는 지출의 성격이 사업과 직접 관련이 없거나, 사회적·경제적 정책상 제한할 필요가 있다고 판단될 때 적용된다.

손금 불산입의 효과는 다음과 같다. 첫째, 해당 지출액만큼 과세표준이 증가하여 법인세 납부세액이 늘어난다. 둘째, 조세 회피 행위를 방지하고 경제적 행위의 실질을 반영하는 도구로 작용한다. 예를 들어, 지나친 접대비 지출이나 특정 유형의 기부금을 손금에서 제외함으로써 법인의 비용 구조에 영향을 미친다.

손금 불산입의 일반원칙은 법인세법이 특정 지출을 법인세 계산상의 비용으로 인정하지 않는 기본적인 법리를 말한다. 이 원칙의 핵심은 법인의 모든 경제적 지출이 세무상 손금으로 인정되는 것은 아니라는 점이다. 세법은 특정한 사유를 들어 해당 지출을 과세표준 계산에서 제외시킴으로써, 조세 공평의 실현이나 특정 정책 목표 달성, 또는 조세 회피 방지를 꾀한다.

손금 불산입의 주요 근거는 크게 세 가지로 구분된다. 첫째, 해당 지출이 법인의 순자산을 증가시키는 자본적 지출의 성격을 가지는 경우이다. 둘째, 지출의 성격이 법인의 영리 활동과 직접적인 관련이 없거나 사회 통념상 과도한 경우이다. 셋째, 법인의 소득과 비용의 귀속 시기를 조정하여 조세 회피를 방지하기 위한 경우이다. 이러한 원칙에 따라 법은 구체적인 불산입 항목을 열거하고 있다.

이러한 일반원칙은 구체적인 각 불산입 항목을 해석하고 적용하는 지침이 된다. 따라서 특정 지출이 손금 불산입 대상인지 판단할 때는, 해당 지출이 위 표의 어느 원칙적 범주에 해당하는지를 먼저 검토하는 것이 순서이다.

법인세법에서는 특정 지출을 손금으로 인정하지 않거나, 인정하더라도 일정 한도 내에서만 인정하는 규정을 두고 있다. 이는 조세 형평성 유지, 조세 회피 방지, 특정 정책 목표 달성 등을 위한 것이다. 주요 손금 불산입 항목은 다음과 같이 분류할 수 있다.

접대비와 기부금은 그 성격상 필요 경비이지만, 과도한 지출을 통한 조세 회피 가능성과 사회적 형평성을 고려하여 제한을 두고 있다. 예를 들어, 접대비는 일반적으로 총급여액의 일정 비율(0.2%~0.8%[8])을 초과하는 금액을 손금으로 산입하지 않는다.

세금과 납부금, 벌금류는 국가의 제재적 성격을 가진 지출이므로 손비로 인정하지 않는다. 이는 불법 행위나 의무 위반을 조장하지 않도록 하기 위한 정책적 판단에 기인한다. 또한, 이자지급제한 규정은 지나치게 높은 차입금 이자를 통해 이익을 과소 신고하거나 해외로 이전하는 것을 방지하는 데 목적이 있다. 특수관계자에게 지급한 이자가 일정 기준(예: 부채비율 200%, 이자율 제한)을 초과하면 그 초과분은 손금에서 제외된다.

부당행위계산부인 제도는 특수관계자 간의 거래가 통상적인 거래 조건과 다르게 이루어져 과세표준을 부당하게 감소시키는 경우, 세무 당국이 이를 통상의 거래 조건으로 환원하여 조정하는 것을 말한다. 이 조정은 주로 손금 불산입의 형태로 이루어지지만, 그 반대의 효과로 익금 산입이 발생하는 경우도 존재한다.

예를 들어, 법인이 특수관계자에게 통상의 시가보다 현저히 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우, 세무 당국은 그 거래를 통상의 시가로 거래된 것으로 보아 조정한다. 이때 양도 가액 차이, 즉 통상 시가와 실제 거래 가격의 차액은 해당 법인의 익금으로 산입된다. 마찬가지로 특수관계자로부터 통상의 시가보다 현저히 높은 가격으로 자산을 취득한 경우, 그 초과 지급 부분은 실제 손금이 아닌 것으로 보아 불산입 처리되며, 이는 간접적으로 익금을 증가시키는 효과를 가진다.

이러한 익금 산입 조치는 조세 회피 행위를 방지하고 과세의 형평성을 유지하기 위한 것이다. 주요 적용 대상은 특수관계자 간의 거래이며, 그 판단은 독립된 제3자 간에 통상 이루어지는 거래 조건(독립적 시가)과의 비교를 통해 이루어진다. 부당행위계산부인에 따라 익금이 추가 산입되면, 해당 과세연도의 법인세 과세표준과 세액이 증가하게 된다.

이 제도는 세무 당국의 재량에 맡겨지는 것이 아니라, 법인세법 제52조에 근거를 두고 있다. 따라서 납세자는 특수관계자와의 거래 시 그 조건이 독립적 시가에 부합하는지를 사전에 검토하여 세무상 위험을 관리해야 한다. 부당행위계산부인이 적용되면 원래의 거래를 부인하고 새로운 과세처분을 하게 되며, 이에 대한 이의가 있을 경우 세무심판 또는 행정소송을 통해 다툴 수 있다.

이연법인세차감전환자산은 기업이 법인세를 계산할 때, 회계상 순이익과 과세소득 사이에 발생하는 일시적 차이로 인해 인식된 이연법인세자산 중 일부가 전환되는 것을 의미한다. 이는 법인세법 제55조의2에 규정된 특별한 회계처리 절차에 해당한다. 일반적으로 이연법인세자산은 미래에 회수 가능한 세금공제 효과를 나타내는 자산이지만, 특정 조건이 충족되면 이 자산의 일부가 과세소득 계산상 익금으로 산입되어 당기 법인세 부담을 증가시키게 된다.

이러한 전환은 주로 해당 이연법인세자산과 관련된 세액공제 또는 결손금의 공제 한도가 소멸되거나, 그 회수가 현저히 불확실해지는 경우에 발생한다. 예를 들어, 공제 대상이었던 결손금의 공제기한이 만료되었거나, 해당 자산을 발생시킨 원인이 된 자산을 처분하여 미래의 회수 가능성이 사라진 경우가 여기에 해당한다. 법은 이러한 경우에 기업이 과거에 세금 부담을 감면받는 효과를 누렸던 부분을 상쇄하기 위해, 전환된 금액을 당해 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다.

구체적인 회계 및 세무 처리 절차는 다음과 같다. 먼저, 기업은 해당 사업연도 말을 기준으로 이연법인세자산의 회수 가능성을 재평가한다. 회수가 불가능하거나 현저히 불확실하다고 판단되는 금액에 대해서는 이연법인세차감전환자산 계정을 설정하고, 동일한 금액을 법인세비용으로 인식한다. 이후, 이 전환된 금액은 해당 사업연도의 각 사업연도의 소득금액(과세소득)을 계산할 때 익금에 가산하여 조정해야 한다. 이 조정은 세무조정계산서를 통해 이루어진다.

이러한 규정은 기업이 이연법인세자산을 지나치게 낙관적으로 평가하거나, 실제 세금 부담의 감소 없이 당기 순이익만을 부풀리는 것을 방지하기 위한 목적을 가진다. 따라서 기업은 이연법인세자산을 계상할 때 엄격한 기준에 따라 회수 가능성을 평가하고, 상황 변화에 따라 적시에 재평가를 수행해야 할 의무가 있다.

수입배당금의 익금 불산입 특례는 법인세법에서 정한 일정한 요건을 충족하는 배당금을 법인의 익금에서 제외할 수 있도록 한 제도이다. 이는 이중과세를 방지하고 기업 간 투자를 촉진하기 위한 목적으로 도입되었다. 일반적으로 법인이 받는 배당금은 그 법인의 소득으로 간주되어 익금에 산입되어 과세 대상이 된다. 그러나 배당을 주는 법인(배당법인)이 그 소득에 대해 이미 법인세를 납부한 경우, 배당을 받는 법인(수익법인)이 동일한 소득에 대해 다시 세금을 부담하게 되면 경제적 이중과세가 발생한다. 수입배당금 불산입 특례는 이러한 문제를 해소하기 위한 조치이다.

이 특례를 적용받기 위해서는 몇 가지 법정 요건을 충족해야 한다. 기본적으로 배당을 지급하는 법인이 국내법인인지 외국법인인지, 수익법인이 배당법인의 지분을 얼마나 보유하고 있는지, 그 지분을 얼마나 장기 보유했는지 등이 중요한 판단 기준이 된다. 법인세법 제17조 및 제18조는 이러한 요건을 상세히 규정하고 있으며, 관련 요건을 충족할 경우 해당 배당금의 전부 또는 일부를 손금에 산입하지 아니한 금액[11]으로 처리할 수 있다.

주요 적용 요건과 불산입 비율은 다음과 같이 정리할 수 있다.

이 제도의 적용을 위해서는 법인세 신고 시 세무조정계산서에 해당 사항을 명시하여 신고해야 한다. 또한, 배당금 수입이 있는 해의 결산서와 배당을 증명할 수 있는 자료(예: 배당금 지급결의서, 지급증빙) 등을 보관하여 세무조사 시 제출할 수 있어야 한다. 요건 충족 여부를 잘못 판단하여 불산입을 적용한 경우, 추후 세무조사에서 익금 누락으로 판정되어 추가세액이 부과될 수 있으므로 주의가 필요하다.

이자지급제한 제도는 법인의 자본거래에 따른 이자비용을 제한하여 과세표준을 실질적으로 산정하기 위한 규정이다. 이는 법인이 자기자본 대신 과도한 부채를 조달하여 이자비용을 손금으로 처리함으로써 조세를 회피하는 행위를 방지하는 목적을 가진다.

구체적으로, 법인세법은 특수관계자에게 지급하는 이자 등 차입금의 이자상당액 중 일부를 손금으로 인정하지 않는다. 적용 대상은 주로 지배주주와 그 특수관계자[14]로부터 차입한 금액에 대한 이자비용이다. 손금 불산입 비율은 법인의 부채비율(차입금/자기자본)이 일정 수준을 초과하는 경우 그 초과 부분에 대한 이자상당액에 적용된다.

이 규정의 적용을 받는 법인은 세무신고 시 해당 금액을 별도로 조정하여 손금에서 제외해야 한다. 분쟁이 발생할 경우, 차입금의 성격이 실질적으로 자본인지 부채인지, 이자율이 정상 거래 가격에 부합하는지 등이 주요 쟁점이 된다.

접대비는 사업상 거래처와의 관계 유지 또는 거래 촉진을 위해 지출하는 비용이다. 법인세법에서는 특정 범위를 초과하는 접대비 지출액을 손금으로 인정하지 않는다. 이는 과도한 접대비 지출을 통한 조세 회피를 방지하고, 실제 사업 활동과 관련된 비용만을 손금으로 산정하려는 목적이 있다. 접대비 불산입 한도는 일반적으로 해당 사업연도의 손금 산입 총액의 일정 비율(예: 0.2%[15]))로 정해지며, 일부 업종에는 별도의 특례가 적용되기도 한다.

기부금은 법인이 공익 목적을 위해 국가, 지방자치단체, 또는 지정된 공익법인 등에 무상으로 제공하는 금전이나 재산을 말한다. 모든 기부금이 손금으로 인정되는 것은 아니며, 법정기부금과 특별손금산입기부금으로 구분하여 처리한다. 법정기부금은 법률에서 정한 요건을 충족하는 기부금으로, 손금 산입 한도 내에서 전액 손금으로 인정된다. 반면, 그 외의 기부금은 특별손금산입기부금으로 분류되어 손금 산입에 추가적인 제한을 받는다.

접대비와 기부금의 손금 불산입 계산은 다음 표와 같이 구분하여 진행된다.

접대비와 기부금 처리는 세무 신고 시 반드시 조정해야 하는 주요 사항이다. 기업은 지출한 전체 금액이 아닌, 세법이 정한 한도 내의 금액만을 손금으로 계산하여 법인세 과세표준을 산정해야 한다. 한도를 초과한 금액은 세무조정을 통해 익금에 가산하거나 손금에서 제외한다. 이 과정에서 지정기부금 대상 단체 여부나 접대비의 실질적 사업 관련성 등 구체적인 요건을 충족하는지 확인하는 것이 중요하다.

법인세법상 손금은 당해 사업연도의 소득금액 계산상 필요경비로 인정되는 지출을 의미한다. 그러나 모든 지출이 손금으로 인정되는 것은 아니며, 특히 일부 세금과 납부금은 법률에 의해 손금 불산입 항목으로 규정되어 있다. 이는 조세의 공평성과 중복과세 방지, 또는 특정 정책적 목적을 반영한 결과이다.

주요 손금 불산입 대상 세금으로는 법인세 본세와 가산세, 소득세(법인의 이익 배분에 대한 소득세는 제외), 부가가치세 중 매입세액 불공제분, 취득세와 등록세 등이 포함된다. 또한, 각종 벌금, 과료, 과태료, 가산금 등 행정제재적 성격의 납부금도 원칙적으로 손금에 산입하지 않는다[17]. 이는 불법행위나 법령 위반에서 비롯된 지출을 경비로 인정함으로써 간접적으로 이를 조장하는 결과를 막기 위한 정책적 판단에 기인한다.

다만, 모든 세금과 공과금이 손금 불산입되는 것은 아니다. 예를 들어 재산세, 자동차세, 국민건강보험료(사용자 부담분), 산업재해보상보험료 등 일반적인 사업활동과 직접 관련되어 필수적으로 발생하는 부담금은 손금으로 인정된다. 또한, 부가가치세 중 매입세액으로 공제되는 부분은 당연히 손금이 아니지만, 매입세액 불공제 대상이 되는 경우 그 세액은 해당 자산의 취득원가에 포함되거나 손금 불산입 처리된다. 따라서 세금과 납부금의 손금 여부는 해당 지출의 경제적 성격과 법적 근거를 따져 신중히 판단해야 한다.

법인은 법인세법에 따라 사업연도의 소득을 계산할 때 회계상 순이익을 기초로 하여 세법 규정에 맞게 조정한다. 이 조정 과정을 세무조정이라고 하며, 그 결과를 법인세 신고서에 기재하여 신고한다.

세무조정은 크게 익금 산입 조정과 손금 불산입 조정으로 구분된다. 익금 산입 조정은 회계상에는 수익으로 인식하지 않았으나 세법상 익금으로 보아야 하는 금액을 회계상 순이익에 가산하는 것이다. 반대로 손금 불산입 조정은 회계상에는 비용으로 인식했으나 세법상 손금으로 인정되지 않는 금액을 회계상 순이익에서 차감하는 것이다. 조정 후 최종적으로 산출된 금액이 과세표준이 된다.

법인세 신고서(제1호 서식)의 "각 사업연도 소득에 대한 계산서"에서는 다음과 같은 순서로 조정을 진행한다.

구체적인 조정 항목으로는 부당행위계산부인에 따라 추가된 익금, 접대비 초과분, 기부금 한도 초과분, 이자지급제한 적용 금액 등이 포함된다. 각 항목별 조정 금액은 별도의 명세서를 작성하여 근거를 제시해야 한다.

이러한 조정을 통해 산출된 과세표준에 세율을 적용하여 산출세액을 계산하고, 여기서 각종 세액공제 또는 세액감면을 적용하여 최종 납부세액을 확정한다. 모든 조정 내역은 세무조정계산서에 상세히 기록하여 신고서와 함께 보관해야 한다.

세무조정계산서는 법인세 신고 시 회계상 손익과 세법상 익금·손금의 차이를 조정하여 과세표준과 세액을 계산하는 공식 문서이다. 이 계산서는 법인세법 시행규칙 별지 제3호 서식에 따라 작성하며, 납세자가 세무서에 제출하는 법인세 중간예납신고서 또는 법인세 확정신고서의 핵심 첨부 서류이다.

작성 요령은 다음과 같다. 먼저, 회계장부에 따른 당기순이익 또는 당기순손실을 출발점으로 삼는다. 이후 익금 불산입 항목(예: 수입배당금 불산입 특례 적용액)을 가산하고, 손금 불산입 항목(예: 초과접대비, 기부금 한도초과액)을 감산하여 세무조정을 거친 법인세 과세표준을 도출한다. 주요 조정 항목은 별도의 명세서를 첨부하여 그 내역을 상세히 기재해야 한다.

최종적으로 계산된 과세표준에 세율을 적용하여 산출세액을 구한 후, 각종 세액공제 또는 가산세를 반영하여 납부할 세액 또는 환급받을 세액을 확정한다. 계산서 작성 시 모든 수치는 장부 및 증빙과 일치해야 하며, 조정 사유는 관련 법조문과 함께 명확히 기재하여 향후 세무조사 시 설명의 근거를 마련해야 한다.

세무당국은 법인의 법인세 신고 내용이 실제 사업 활동과 소득을 정확히 반영하는지 확인하기 위해 세무조사를 실시한다. 익금 산입 및 손금 불산입과 관련된 조사에서는 주로 수익의 은닉 또는 비용의 과다 계상 여부를 집중적으로 점검한다.

조사 과정에서 유의해야 할 주요 사항은 다음과 같다. 첫째, 부당행위계산부인 규정 적용 여부이다. 세무당국은 특수관계자 간 거래가 시장 가격에 비해 현저히 불공정한 경우 이를 부당행위로 간주하고 소득금액을 조정할 수 있다[21]. 둘째, 접대비와 기부금의 손금 불산입 한도 초과 여부를 철저히 검토한다. 특히 접대비 증빙의 실질성을 확인받기 위해 상세한 내역과 영수증 관리가 필수적이다. 셋째, 이자지급제한 규정을 위반하지 않았는지 점검한다. 이는 부채비율이 일정 수준을 초과하는 법인의 특수관계자에 대한 이자 지급액을 손금으로 인정하지 않는 제도이다.

법인은 조사에 대비해 모든 거래에 대해 명확한 증빙 자료를 체계적으로 보관해야 한다. 특히 세무조정 사항이 발생한 경우, 그 조정의 근거와 계산 과정을 상세히 기록해 두는 것이 분쟁 예방에 도움이 된다. 세무당국의 조정 처분에 이의가 있을 경우, 세무조정 청구나 심판 청구를 통해 권리 구제를 모색할 수 있다.

납세자가 국세청의 처분에 이의가 있을 경우, 이의신청, 심사청구, 심판청구의 순서로 행정심판을 거쳐 법원에 행정소송을 제기할 수 있다. 이는 행정심판법 및 국세기본법에 규정된 일반적인 권리구제 절차이다.

구체적인 절차는 다음과 같다. 먼저, 세무당국으로부터 과세처분 등을 통지받은 날부터 90일 이내에 해당 세무서장에게 이의신청을 제기해야 한다. 세무서장은 90일 이내(필요시 30일 연장 가능)에 결정을 통지해야 한다. 이의신청 기각 또는 불만족 결정 시, 결정통지를 받은 날부터 90일 이내에 관할 국세청장에게 심사청구를 할 수 있다. 국세청장은 90일 이내(필요시 30일 연장 가능)에 심사결정을 내린다. 심사청구 결과에 대해서도 불복이 있으면, 심사결정통지를 받은 날부터 90일 이내에 국세심판원에 심판청구를 제기한다. 국세심판원은 180일 이내(필요시 90일 연장 가능)에 재결을 내린다.

심판청구 절차는 사실상의 최종 행정심판 단계이다. 국세심판원의 재결에 불복하는 경우, 재결서 정본을 받은 날부터 90일 이내에 행정법원에 소송을 제기할 수 있다. 모든 심판청구는 서면으로 제출해야 하며, 처분의 내용, 불복 이유, 증빙 자료 등을 명시해야 한다. 절차 진행 중에는 가부과 제도에 따라 분쟁 금액의 50%를 납부하고 나머지 50%에 대해서는 납부유예를 받을 수 있다[22].